为加强医院临床专科能力建设，国家卫生计生委于2010年启动国家临床重点专科建设项目评估工作。根据《国家卫生计生委办公厅关于确定2013-2014年度国家临床重点专科建设项目单位的通知》（国卫办医函〔2013〕544号），附属第一医院肿瘤科、感染病科、老年病科、器官移植科、临床药学、传染病诊治国家重点实验室、神经外科、病理科，附属第二医院肿瘤科、变态反应科、神经内科，附属邵逸夫医院临床护理共12个专科通过评审，被确定为2013-2014年度国家临床重点专科建设项目。
到目前为止，医学院附属医院已有45个专科被列入国家临床重点专科建设项目，占浙江省获评总数的85%。其中，附属第一医院22个专科(重症医学科、检验科；心血管内科、血液内科、心脏大血管外科、口腔颌面外科、临床护理；呼吸内科、肾病科、普通外科、泌尿外科、卫生部多器官联合移植研究重点实验室、消化内科、麻醉科；肿瘤科、感染病科、老年病科、器官移植科、临床药学、传染病诊治国家重点实验室、神经外科、病理科)，附属第二医院13个专科(骨科、专科护理；心血管内科、神经外科；眼科、呼吸内科、烧伤科、普通外科、急诊医学科、皮肤科；肿瘤科、变态反应科、神经内科)，附属邵逸夫医院3个专科（病理科，普通外科，临床护理），附属儿童医院4个专科（儿科重症，新生儿科、小儿消化科、小儿呼吸科），附属妇产科医院2个专科（妇科、产科），附属口腔医院1个专科（牙体牙髓病科）入选该建设项目。
