医院管理办公室成立于2015年9月，是学校医院管理委员会下设办公室，负责处理医院管理委员会的日常事务；协同党委组织部加强附属医院党的建设和干部队伍建设；协同纪检监察机构加强附属医院党风廉政和清廉医院建设；负责与医院行业主管部门对口联系；组织协调对口支援、援外医疗等；完成学校党委行政布置的其他相关工作。作为浙江大学关于附属医院的行政管理部门，行使对附属医院统筹规划、规范指导、监管评价、督促检查等职能，不断提升附属医院管理水平，为学校加快建设世界一流大学和优秀医学学科提供支撑。